LINUX
SITES ÚTEIS
Para acessar os manuais linux (man pages) online:
https://www.kernel.org/doc/man-pages/
Caso seja usuário linux, basta digitar em seu terminal man <nome do comando>, por exemplo, man wget.
Para conhecer as diversas distribuições Linux existentes, acesse o DistroWatch. Este site contém notícias, descrição, informações úteis (como última versão existente, situação se Ativa ou não), sites de fórum específicos da distribuição, onde realizar Download, e inclusive um Rank das distribuições mais populares.
MANUAL PARA LINUX
Iniciante, intermediário e avançado.
O Foca GNU/Linux é um guia que traz desde explicações básicas sobre computadores e o sistema GNU/Linux até a administração e segurança do sistema. Os assuntos do guia são explicados em linguagem clara e organizados de forma linear e didática, evitando termos técnicos nos níveis iniciais, até que o usuário se habitue com sua utilização de forma gradual.
Link para o site: http://www.guiafoca.org/
FRESHINSTALL
Por Clarice Groeneveld
Script bash contendo execução para a instalação de alguns softwares úteis para bioinformática. Tais como, R e RStudio (contendo a instalação de pacotes mais utilizados), e outros como Mendeley, Nextcloud, RStudio Server, Anaconda, Inkscape e Gimp. Além de script para instalação de bibliotecas do sistema. Script muito útil para eventuais necessidades de formatação do sistema operacional.
O script pode ser obtido através do link https://github.com/csgroen/freshinstall
MATANDO PROCESSOS
Muitas vezes iniciamos algum processo e ele trava, ou precisa ser fechado à força. Para matar um processo podemos utilizar o kill.
Primeiramente identificamos qual o PID do processo (PID é um identificador único para cada processo em execução) com o htop.
O PID fica na 1ª coluna fornecida pelo htop.
Ao encontrar o processo que se quer matar, por ex. PID 12633, basta:
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kill -9 12633
EXTRAINDO ARQUIVOS
Seguem alguns exemplos:
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tar -vxf arquivo.tar.gz
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tar -vxjpf arquivo.tar.bz2
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tar -vxf arquivo.tar
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rar x arquivo.rar
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unzip arquivo.zip
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7z x -y arquivo.7z
onde -v se refere à verbose (imprime na tela os arquivos que está extraindo), portanto é facultativo.
INFORMAÇÕES DE HARDWARE
Exibe informações do sistema, memória RAM, etc.
sudo dmidecode -t
Exibe informações específicas da memória
sudo dmidecode -t memory
rsync
Camila P Perico - 03/06/2019
rsync é uma ferramenta que auxilia na sincronização de dispositivos. Abaixo um script simples que permite, por exemplo, que você sincronize algumas pastas de seu computador com um HD externo.
Ex.:
Enviando dados do PC para HD
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rsync -axuv ~/Minhapasta/ /media/HDEXterno/Minhapasta/
Enviando dados do HD para o PC
-
rsync -axuv /media/HDEXterno/Minhapasta/ ~/Minhapasta/
**Atente que ao final de cada nome de pasta a ser sincronizado há um "/" indicando que é uma pasta. Se você não colocar essa barra irá gerar um erro na sincronização.
PS.: se você quiser evitar sincronizar também as deleções acrescente --delete , pois ele sincronizará as deleções que fizer entre em um dos HDs. Mas cuidado com essa opção, pois você poderá perder dados no processo.
Caso queiram realizar sincronização via ssh (como para um dos servidores):
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rsync -axuv --rsh="ssh -l user" ~/MinhaLib/ user@200.236.3.125:~/MinhaLib/
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rsync -axuv --rsh="ssh -l user" user@200.236.3.125:~/MinhaLib/ ~/MinhaLib/
Substitua os "user" pelo seu usuário. Para mais detalhes, este link bem útil que irá auxiliá-los.
Para criar um script:
#!/bin/bash
echo -e "\n Sincronização dos HDs >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>\n"
echo -e "\n\n ... Transferência Minhapasta: HD para PC "
rsync -axuv /media/HDEXterno/Minhapasta/ ~/Minhapasta/
echo -e "\n\n ... Transferência Minhapasta: PC para HD "
rsync -axuv ~/Minhapasta/ /media/HDEXterno/Minhapasta/
echo -e "\n Sincronização via SSH >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>\n"
echo -e "\n\n ... Transferência MinhaLib: PC para Servidor "
rsync -axuv --rsh="ssh -l user" ~/MinhaLib/ user@200.236.3.125:~/MinhaLib/
echo -e "\n\n ... Transferência MinhaLib: Servidor para PC "
rsync -axuv --rsh="ssh -l user" user@200.236.3.125:~/MinhaLib/ ~/MinhaLib/
echo -e "\n ... Sincronização concluída ... \n"
Para incluir como comando nativo copie o .sh na pasta /bin/user sem a extensão .sh. Então pode chamá-lo de qualquer pasta pelo terminal.
PS.: o script para sincronização ssh irá pedir a senha de acesso ao servidor a cada uso.
GNUPLOT
Por Camila P Perico, 06/2019
GNUPLOT é um software livre em linha de comando voltado para o plot de gráficos de dados e funções matemáticas, em 2 e 3 dimensões. Ele está disponível para Linux, Windows, Mac, etc.
Além do plot do gráfico na janela, formato de saída da imagem pode ser png, eps, svg, jpeg, etc.
É capaz de produzir código LaTeX (e ser chamado internamente pelo LaTeXpara produção de imagem vetorial). Além disso é utilizado pelo GNU Octave para geração de gráficos.
O gnuplot possui boa documentação e uma gama de exemplos.
Plot Simples
defino a função f(x) = 2x³ + 3x - 5 :
f(x) = 2*x**3 + 3*x - 5
e faço o plot (fig. 1)
plot f(x)
acrescento uma legenda (fig. 2)
plot f(x) title 'equação'
labels (fig. 3)
set xlabel 'Legenda eixo x'
set ylabel 'Legenda eixo y'
set title 'Título da Figura'
Plot de dados usando as colunas 1 e 2 do arquivo.dat
plot 'arquivo.dat' u ($1):($2) title 'meus dados'
Salvar imagem png
set terminal png
set output 'Figura.png'
replot
f(x) = 2*x**3 + 3*x - 5
plot f(x)
Ajuste de Curva - MMQ (Mínimos Múltiplos Quadrados)
Exemplo com função quadrática
f(x) = a*x**2 + b*x + c
Posso fornecer uma dica dos valores dos fatores a, b e c, mas é desnecessário
a = 1; b=1; c=1;
Faço o MMQ (fit) dos pontos fornecidos pelo arquivo file.dat
fit f(x) 'file.dat' u (1):(2) via a,b,c
Agora, com os valores de a,b e c calculados , posso plotar os pontos experimentais contra a curva calculada
plot 'file.dat' u (1):(2), f(x)